Деятельность 16-го Учебно-тренировочного отряда (УТО-16) началась в 1934 году. В УТО-16 было организовано регулярное проведение курсов повышения квалификаций летного и диспетчерского состава. Готовились в УТО-16 специалисты и для других служб Хабаровского края, Приморского края, Амурской области, Сахалинской области, Камчатской области, Магаданской области, Чукотки.
30.05.1988 года 16 Учебно-тренировочный отряд ДВУ ГА реорганизован в Учебно-тренировочный центр ДВУ ГА (УТЦ).
С 1990 года для работы на международных авиалиниях в УТЦ начали подготовку экипажей по летной фразеологии на английском языке. Для этих целей были оборудованы лингафонные кабинеты, а в 1992 году провели годичные курсы по подготовке бортпроводников.
В 1995-2015гг. проводилась большая работа по переподготовке и подготовке программ обучения летного и инженерного-технического персонала, работников наземных служб Дальневосточного региона.
28.07.1994 года Учебно-тренировочный центр ДВУ ГА переименован в ГП Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала.
25 декабря 1998 года приказом Федеральной авиационной службы №368 организован Хабаровский филиал Красноярского авиационного технического колледжа на базе Дальневосточного центра подготовки авиационного персонала.
Распоряжением Правительства РФ от 11.03.2008 года № 294-р ФГОУ СПО «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» был реорганизован в форме присоединения к ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» с образованием на его основе структурного подразделения – Красноярский филиал ФГБОУ ВПО «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации».
В 2008 году к Федеральному государственному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» присоединен Хабаровский филиал «Красноярский авиационный технический колледж гражданской авиации» с образованием на его основе обособленного структурного подразделения – филиала Университета (распоряжение Правительства Российской Федерации от 11.03.2008 № 294-р, приказ Федерального агентства воздушного транспорта от 16.11.2009 № 503).
07.04.2004 года ГП Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала реорганизован в Федеральное государственное унитарное предприятие «Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала».
01.07.2015 года Федеральное государственное унитарное предприятие «Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала» реорганизовано в форме преобразования в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение «Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала».
06.06.2017 года Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение «Дальневосточный центр подготовки авиационного персонала» реорганизован в форме присоединения к Федеральному государственному бюджетному образовательному учреждению высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации» на базе Хабаровского филиала.
В 2022 году приказом руководителя Федерального агентства воздушного транспорта от 12.04.2022 № 214-П Филиалу было присвоено имя Б.Г. Езерского.
Полное наименование образовательного учреждения – Хабаровский филиал имени Б.Г. Езерского Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет гражданской авиации имени Главного маршала авиации А.А. Новикова» (Хабаровский филиал им. Б.Г. Езерского СПбГУ ГА).
Хабаровский филиал им. Б.Г. Езерского СПбГУ ГА является структурным подразделением Авиационного учебного центра (АУЦ) ФГБОУ ВО СПбГУ ГА им. А.А. Новикова. Действие сертификата АУЦ СПбГУ ГА (Сертификат № 268 от 31.05.2017г.) распространяется и на Хабаровский филиал им. Б.Г. Езерского СПбГУ ГА.